L'île de la Réunion abrite également des colonies d'oiseaux marins (puffins, pétrels, phaétons), endémiques ou non, dont quatre espèces sont protégées par arrêté ministériel. Là aussi, le chantier de la Nouvelle Route du Littoral s'est penché sur le problème de préservation de cette avifaune. Tout d'abord, afin d'éviter les échouages de jeunes individus perturbés par des lumières parasites, le chantier a adopté des éclairages spécialement étudiés en termes de couleur (jaune-orangée et non blanche) et d'orientation (au maximum vers le sol). Pendant une période donnée, entre les mois de décembre et d'avril, les intervenants ont même respecté 50 jours d'interdiction d'éclairage, laissant ainsi le temps aux oiseaux de gagner le large. D'autre part, la région s'est porté acquéreuse de 150 hectares de terrains, aux alentours de Grande Chaloupe, afin d'y recréer des espaces naturels. D'ailleurs il est prévu que l'ancienne route du Littoral soit en partie démolie à la hauteur du viaduc, sur une longueur d'environ 1 km. Olivier Tricoire et Yves Capon expliquent : "Cela sera fait pour rendre le caractère originel de la falaise et la réexposer aux embruns". Le caractère maritime de cette portion de côte sera complété par la suppression des lourds filets de protection qui retiennent les blocs au-dessus des chaussées. Les parois rocheuses, qui constituent l'habitat naturel des "Paille-en-queue" (phaétons), leurs redeviendront ainsi plus facilement accessibles.
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