Imaginée sur une emprise au sol de 9.000 m², la gare développera une superficie de 30.000 m², répartie sur neuf niveaux dont quatre souterrains. Dans cet atrium, défini comme un "point de rencontre", "nous avons voulu créé l'idée d'une spirale, rassemblant à la fois les gens, les activités et l'énergie de la foule, complète l'architecte Kengo Kuma. Cette gare étant souterraine, nous l'avons conçu autour d'un grand vide, celui-ci étant un point de passage pour la lumière naturelle du ciel jusqu'au fond du bâtiment."
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Cet espace enfoui à 27 mètres de profondeur sera étroitement relié, du sol jusqu'au ciel, par ce noyau. Ce dernier ne sera pas un "noyau solide" mais donnera une sensation de vide.