A l'intérieur les deux cours connaîtront d'importants changements. Christophe Bottineau annonce : "Une verrière sera posée dans la cour de l'Intendant, sur la corniche entre le 2e et le 3e étage, ce qui correspond à la hauteur initiale de l'hôtel qui a été rehaussé au 19e siècle. L'idée est de retrouver la proportion originelle par un claustra qui masquera cet étage rajouté tout en ménageant une ouverture vers le ciel, un peu comme le Panthéon de Rome, avec un oculus central". La couverture vitrée de 330 m² a été conçue par Hugh Dutton & Associés et sera réalisée en vitrage feuilleté et miroirs, afin de donner une "impression cristalline". L'endroit servira de zone d'accueil au public qui s'orientera grâce à un immense lustre elliptique en polycarbonate et LEDs, imaginé par l'architecte et scénographe Alain Moatti. Ce dernier révèle : "C'est un travail d'équipe avec des designers, spécialistes du numérique, de la signalétique… Le grand lustre servira de boussole, dans le temps et dans l'espace. C'est un objet exceptionnel, semblable à une gigantesque pampille, qui sera éclairé le soir comme en journée".
Hommage rendu à l'Opéra Bastille pour son architecture "remarquable"
