La juridiction financière de l'ordre administratif souligne que les Certificats d'économies d'énergie (CEE) constituent "un dispositif amélioré". Le rapport explique : "Deux ans après avoir remis au Premier ministre un rapport proposant des améliorations à ce système, la Cour s'est interrogée sur les suites données aux recommandations qu'elle avait formulées". Il apparaît que le système des CEE, créé en 2005, est relativement souple et présente plusieurs avantages : un coût très faible pour les finances publiques, une large autonomie aux obligés sur les modalités d'atteinte des objectifs, un rôle de sensibilisation et une quantification des économies d'énergie réalisées. L'outil s'est progressivement développé, avec une montée en puissance de plus en plus rapide depuis l'entrée dans la troisième période d'activité en janvier 2015. Cette dernière présente un objectif de 700 TWh cumac sur trois ans, là où la deuxième période (2011-2014) n'en visait que 460. Toutefois, jamais avare en conseils et avertissements, la Cour des comptes estime qu'il sera nécessaire de maîtriser des risques financiers et des dérives potentielles. Elle recommande par exemple de renégocier la délégation de service public du gestionnaire du registre Emmy et de sécuriser les transactions, deux propositions qu'elle avait déjà formulées.

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