Après la notification du marché, le projet a encore connu plusieurs modifications. Ce qui n'a pas toujours été simple à gérer pour la collectivité. "Nous sommes par exemple passés d'une arena de 8.000 à 10.000 places. Par ailleurs, sa destination a changé puisque d'un équipement qui ne devait accueillir que du sport, et un ou deux autres événements par an, nous avons finalement voulu en faire une salle sport et spectacles, sans restriction", détaille Charles-Eric Lemaignen. "Cette nouvelle fonctionnalité entraîne beaucoup de modifications, car le public en configuration spectacle ne se trouve pas au même endroit, il faut une fosse, des issues et des sanitaires supplémentaires, une puissance électrique différente, des éléments scéniques…", complète de son côté Lionel Duclos, directeur du projet pour Bouygues construction.
Des améliorations sensibles qui ont aussi concernées le palais des congrès. Initialement, la salle plénière de 1.000 places était prévue avec une acoustique type conférence. Il a été demandé d'en faire une salle avec une acoustique symphonique, et il a donc été nécessaire de faire évoluer les matériaux, et le système électroacoustique. "Nous avons utilisé la technique Carmen, développée par le CSTB", précise Lionel Duclos. Des modifications qui ont fatalement entraîné des surcoûts : 3,6 millions d'euros supplémentaires pour la salle symphonique par exemple.
Dans un tel contexte, Charles-Eric Lemaignen a souhaité assurer "une totale transparence sur le projet, ses modifications, son budget, y compris sur la négociation de la délégation de service public pour la gestion de l'ensemble et du centre de conférences situé en centre-ville". Il a ainsi tenu informés régulièrement les élus sur le déroulement du projet. Surtout, ce dossier doit permettre à sa collectivité, comme à d'autres, de tirer des leçons : "Les programmes doivent être définitivement arrêtés et stabilisés avant de lancer un marché global de performance. Dans notre cas, nous l'avons lancé trop vite."