La volonté d'offrir des espaces modulables aux étudiants, chercheurs et enseignants a constitué une des lignes directrices du projet. De fait, les architectes ont travaillé sur la flexibilité des lieux, de manière à pouvoir mélanger les flux et les catégories de personnes, et améliorer les déplacements d'une pièce à l'autre. Quelques aménagements notables ont également été réalisés, comme les rangées de sièges de l'amphithéâtre, dont la capacité est de 142 personnes : un rang sur deux est pivotant à 180°, pour faciliter les échanges. "Plusieurs espaces ont été pensés et aménagés en concertation avec les étudiants", note Patrick Mauger. "Nous avons vraiment souhaité optimiser chaque espace, pour rendre le lieu accessible et ouvert à tous. Ce désir de donner au monde de la recherche un lieu agréable et convivial s'est aussi traduit par la remise en valeur du patrimoine du site, comme le portail d'entrée et l'escalier d'origine."
