Depuis la surface, l'autre signe pérenne de la présence de la nouvelle gare souterraine est la grande verrière de 120 mètres de long sur le parvis du Palais des Congrès. Une installation qui permet d'apporter de la lumière naturelle dans la gare, diffusée jusqu'aux quais situés 30 mètres en-dessous.
Mais cette boîte désormais fermée pose quelques questions en termes de logistique. Car il n'est plus possible de livrer ou de sortir les "gros colis" depuis la surface. Tout passe donc par le rail désormais. Et pour faciliter la coactivité entre la circulation des trains, et donc les essais et la formation des conducteurs, et les approvisionnements et évacuations de ces colis, un étage provisoire a été construit au-dessus des voies. Il sera démonté en janvier 2024, ce qui empêchera la circulation des trains pendant deux semaines.