La redistribution des pièces n'a pas été le seul changement radical de la Maison du Jardinier. En effet, en apposant de nouvelles couches de peinture à l'extérieur comme à l'intérieur, en posant un nouveau sol souple sur le carrelage et en changeant les menuiseries, l'âme de la loge et les principes architecturaux de Le Corbusier s'en sont vus altérés.
Depuis, les menuiseries en métal prévues à l'origine par Le Corbusier ont remplacé celles en bois et le carrelage d'origine sous le sol souple a été rénové.
Depuis, les menuiseries en métal prévues à l'origine par Le Corbusier ont remplacé celles en bois et le carrelage d'origine sous le sol souple a été rénové.
Les changements radicaux qu'a connus la loge sont la raison pour laquelle le Centre des Monuments Nationaux (CMN) a souhaité restituer l'état d'origine de la maison. Pour suivre ce chantier, un comité d'experts a été constitué, composé de représentants de la Fondation Le Corbusier, du Centre Pompidou, de la DRAC Ile-de-France et du laboratoire de recherche sur les monuments historiques.