La maîtrise d'ouvrage du CO09 n'est pas assurée par Telt, mais a été confiée à SNCF Réseau. Son montant : 680 millions d'euros en valeur 2012, "autour de 800 millions d'euros financés" en tenant compte de l'inflation et des perspectives d'inflation d'ici à la mise en service des infrastructures, qui interviendront progressivement jusqu'en 2033, date de la mise en service du tunnel transfrontalier. Objectif : doubler le nombre de voies, en comptant la restructuration de la ligne historique et des voies de dessertes fret de l'usine Trimet, l'intégration de nouvelles voies de service et la création de la ligne nouvelle.
Si initialement une dizaine de phases étaient envisagées, un important travail avec la maîtrise d'œuvre, assurée par Systra, a permis de simplifier l'organisation du chantier et de passer à cinq phases. La première a eu lieu entre 2018 et 2023, pour "faire de la place sur le site, explique Stéphane Fournier, responsable maîtrise d'ouvrage chez SNCF Réseau. Nous avons déplacé des voiries et des réseaux, le pôle signalisation, mais aussi la sous-station électrique et des silos qui permettaient de stocker du gypse". Il a ainsi fallu créer une nouvelle sous-station, un poste d'aiguillage avec trois postes de signalisation mis en service en mai 2023, mais aussi les gares ferroviaire et routière provisoires et une base vie commune pour l'ensemble des phases suivantes du chantier.
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