Le projet est soumis à des contraintes particulières concernant la gestion des eaux pluviales. En toiture, des membranes Nox Activ sont mises en place pour récupérer les gaz dégagés notamment par les moteurs diesels.
Les eaux saines sont envoyées via le bâtiment dans des réseaux siphoïdes, pour "maximiser la surface exploitable", puisque "nous arrivons à diviser par deux ou trois le diamètre des tuyaux et n'avons pas besoin de les mettre à plat". Elles vont ensuite vers un bassin de rétention puis vers un ruisseau à proximité, le débit restant maîtrisé.
Les eaux de voirie quant à elles sont stockées dans un bassin étanche puis rejetées dans un deuxième bassin après être passées dans un séparateur d'hydrocarbure. En cas d'incendie, une vanne permet de couper tous les rejets des eaux du site et de les cantonner dans le bassin étanche.
