Le syndicat mixte pour le développement durable de l'estuaire de la Gironde (SMIDDEST) qui gère le monument, précise que toutes les pierres ne seront pas remplacées. En début de chantier, chaque pierre a été sondée. Ensuite selon un plan très précis, appelé calepinage, les artisans ont procédé au remplacement des pierres qui le nécessitaient, sous la supervision de Franck Lamendin, assistant de l'Architecte en Chef des Monuments Historiques. La taille de pierre est effectuée une première fois à terre, en atelier, souligne le SMIDDEST.
Les ajustements sont réalisés sur place, dans une loge de taille installée au pied de l'échafaudage, relativement à l'abri des intempéries. Charge ensuite aux maçons de placer et jointer chaque pierre au mortier de chaux. D'octobre 2015 à avril 2016, près de 25 m3 de pierres ont ainsi été acheminées et il y avait jusqu'à 7 compagnons sur place en même temps. Les conditions du chantier sont particulièrement difficiles. Rien qu'en février et mars 2016, le chantier a fait face à dix journées d'intempéries.
