De nombreux ouvrages hydrauliques doivent aussi être construits. Des buses « classiques » préfabriquées en béton armé sont notamment posées à l'avancement. Un autre type d'ouvrages a aussi été imaginé : des ouvrages cadres de grande dimension, pouvant faire jusqu'à 3m de large et 2m de haut. Pour les réaliser, un outil spécifique et adaptable a été conçu afin de pouvoir les couler en place. Entre 400 et 500m de linéaires cumulés doivent être construits de cette façon.
Lors de cette phase 2, un pont-rail routier a aussi été réalisé. Cet ouvrage cadre de 9x6m et de 50m de long permettre de faire passer sous les voies nouvelles la RD906.
Un saut-de-mouton est aussi au programme, afin de séparer la ligne nouvelle de la ligne historique au bout du tronc commun. La ligne historique passera ainsi sous la ligne nouvelle.
Chez Eiffage, "nous n'avons jamais traité autant de grandes affaires" (Benoît de Ruffray)