De nombreux ouvrages hydrauliques doivent aussi être construits. Des buses « classiques » préfabriquées en béton armé sont notamment posées à l'avancement. Un autre type d'ouvrages a aussi été imaginé : des ouvrages cadres de grande dimension, pouvant faire jusqu'à 3m de large et 2m de haut. Pour les réaliser, un outil spécifique et adaptable a été conçu afin de pouvoir les couler en place. Entre 400 et 500m de linéaires cumulés doivent être construits de cette façon.
Lors de cette phase 2, un pont-rail routier a aussi été réalisé. Cet ouvrage cadre de 9x6m et de 50m de long permettre de faire passer sous les voies nouvelles la RD906.
Un saut-de-mouton est aussi au programme, afin de séparer la ligne nouvelle de la ligne historique au bout du tronc commun. La ligne historique passera ainsi sous la ligne nouvelle.
