En phase chantier, la question environnementale a aussi été un impératif. "Le chantier devait être irréprochable de ce point de vue", estime Franck Cahay. Avec l'aide d'un écologue, un diagnostic a été réalisé afin d'identifier "ce qu'il fallait protéger". Une "zone écologique" a ainsi été créée sur l'emprise du chantier, isolée, préservée durant toute la phase de travaux, et qui a vocation à rester.
Située sur un ancien site industriel d'Air Liquide, les eaux de la nappe phréatique étaient potentiellement polluées. Après la réalisation des parois moulées, les eaux emprisonnées dans l'enceinte rendue étanche ont été pompées, puis traitées avec filtres à sable du charbon actif, et contrôlées avant d'être rejetées.
De leur côté, des sondages ont permis de procéder à un diagnostic de pollution des sols, pour ensuite identifier les filières d'évacuation des terres en fonction de leur nature et de leur niveau de pollution. Au total, 35.000m3 de terres ont été terrassées et traitées.