Le projet de la Cité du Vin bénéficie d'une gouvernance particulière, puisqu'une Fondation dédiée a été créée à cet effet, par un décret en date de décembre 2014. Mais ce qui reste inédit, c'est son financement. Un montage public/privé plutôt rare en France, qui fait la part belle au mécénat. En effet, pas moins de 80 mécènes ont participé au projet, représentant 19% du financement total de la construction. Le reste étant apporté par les collectivités publiques et institutionnelles fédérées autour de ce chantier, aux côtés de la ville de Bordeaux, maître d'ouvrage (38%) ; l'Europe via le FEDER (15%), Bordeaux Métropole (10%), la Région Aquitaine (7%), l'Etat (2%), le Département de la Gironde (1%), la Chambre de commerce et d'industrie de Bordeaux (1%).
Le coût global de la Cité du Vin est de 81 M€ HT, dont 55 M€ consacrés à la construction et à l'aménagement scénographique. Une prouesse en matière de financement contrôlé et de coûts maîtrisés, soulignent les porteurs du projet. Interrogé par Batiactu sur cette question, Alain Juppé a reconnu que le budget de départ a été allègrement dépassé mais qu'il a été maîtrisé, et qu'il reste « un investissement raisonnable compte tenu de l'ampleur du projet et de son architecture ». La Fondation reconnaît également que l'investissement moyen final de six autres sites similaires (Lascaux 4, Fondation Louis Vuitton, MuCEM, Centre Pompidou Metz et Musée des Confluences) est de 200 M€ et seulement de 81 M€ pour la Cité du Vin.
