Au deuxième étage, le dôme du magasin situé sous les toits de la rotonde des Petits-Champs a été transformé en salle de travail et de réunion pour les chercheurs. Elle arbore une architecture en bois entièrement reconstituée, mise en valeur par un jeu entre la lumière zénithale et l'éclairage artificiel. Un travail a été mené sur l'acoustique des lieux. Cette salle surplombe celle dite "des donateurs", future réserve des ouvrages précieux de l'Ecole des Chartes.